Rでデータの中心化 (Centering) とか標準化 (Standardizing) とかをするのによく使うscale()関数について，出力の形式が見えないところでエラーを起こしていたので，そのことについてメモ．

これまで，scale()関数を使ったデータ編集をしたときは，そのまま直接データフレームに戻していました．(scale()sample1.R)

この状態で，lm()などの関数を使って分析ができます．(scale()sample2.R)

しかし，一部のパッケージ（例として，package::jtoolsのinteract_plot()関数）ではエラーが発生し，結果が出力されません．(scale()sample3.R)

ここで出ているエラーメッセージ (Error: variable ‘Petal.Width_centered’ was fitted with type “nmatrix.1” but type “numeric” was supplied) は，数値形式の (numeric) データが入るところに，マトリクス形式の (nmatrix.1) データが入っているというものでしたが，「そんな形式に変換した覚えはない」という認識だったため，トラブルシューティングに苦戦しました．
データフレームに投入した中心化済み変数をチェックしてみると，まず数値形式ではあることがわかります．ただ，ベクター形式 (vector) ではなく，マトリクス形式 (matrix) としてデータフレームに投入されています．
ですので，データフレームに投入する直前にベクター形式に変換することで回避します．(scale()sample4.R)

この状態で先ほどのinteract_plot()関数を実行すると，エラーなく結果が出力されます． (scale()sample5.R)

どうやら，glm()関数などでも同じようなエラーが起こるようです．
http://r.789695.n4.nabble.com/issue-building-dataframes-with-matrices-td896730.html
scale()関数は便利で使いよいですが，データ形式に注意しないといけないとわかりました．
ちなみにデータフレーム全体にscale()関数を適用する場合も，dataframe()関数で処理しておかないと，データフレーム形式 (data.frame) ではなく，マトリクス形式になってしまうので注意です．(scale()sample6.R)